Uzdatnianie wody przeprowadzamy nie tylko podczas wywiercenia studni. Czynność powtarzamy co najmniej raz do roku. Bakterie zawsze będą w studni głębinowej, mając własne 
ujęcie wody sami musimy pamiętać o dezynfekcji wody.
Pierwszym etapem dezynfekcji studni głębinowej jest jej porządne oczyszczenie, czyli przepompowanie. Rzetelna firma wiertnicza nie powinna oddać ujęcia bez jego wstępnego oczyszczenia z płuczki wiertniczej.
Czysta wzrokowo woda nie oznacza że jest ona zdatna do spożycia. Zaaplikowany podchloryn do wody rozkłada się i tworzy kwas podchlorawy i wodorotlenek sodu podwyższający pH. Dadany chlor ma na celu:
- utlenienie substancji organicznych
- utlenienie zredukowanych związków mangan, żelazo, siarkowodór
- utlenienie bromków (występują w rejonach Pomorza)
- Po czym pozostały chlor działa dezynfekująco.
Wnioskując zbyt małe dawkowanie może nam nie zabić wszystkich bakterii.
Cykl dezynfekcji warto powtarzać minimum raz w roku. Aplikując podchloryn do studni. Najlepiej pozostawić tak studnię bez pompowania na minimum 24 godziny, choć zaleca się przy dużej dawce podchlorynu na ok 48 godzin. Po czym przeprowadzamy pompowanie, odkręcając możliwie wszystkie punktu ujścia wody oczyszczając przy tym instalację. Im więcej wody wypompujemy tym lepiej. Po takim zabiegu oczyszczania, można dać próbkę do badań.
Uzdatnianie wody można również zrobić przy pomocy CHLORAMIN T bądź wapna chlorowanego (nie zaleca się do studni głębinowych, z uwagi na zawiesinę)
Warto tutaj ująć, że gdy nie odizolujemy odpowiednio górnych warstw przed postępem wód podskórnych proces dezynfekcji będzie skuteczny do następnych opadów. Na terenach podmokłych za pewien czas wracamy do punktu wyjścia. Warto zapoznać się z wiedzą firmy wykonującej prace.
Nie jest to jedyna metoda dezynfekcji wody, kilka przykładów poniżej:
- metody chemiczne: aplikowanie związków chloru, ozon, nadmanganian potasu
- metody fizyczne: gotowanie. ultradźwięki, promieniowanie UV